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摘要 蛋白质功能通过与其他蛋白质和生物分子相互作用而实现其功能。蛋白质相互作用包含了一些蛋白功能分子机制的关键信息。过去的几年里人们在界面残基预测方面做出了大量的努力。现在界面预测和它的应用和发展前景状况良好。
界面预测方法依赖大范围的序列，结构以及物理性质来区别界面残基和非界面残基。输入的数据经过计算得到一个数值或者代表一个残基在蛋白界面内部的潜在可能性。对于在PDB中能够很好表示的复合物形式的蛋白，预测还是比较令人满意的，但是那些表示不太好的则不太令人满意。将来的发展方向主要是解决一些问题，如为多组分结构复合物建立结构模型。
前面对libsvm-2.88目录下的README进行了部分翻译, 似乎需要的朋友比较多, 这下对tools目录下的README进行了翻译. 给需要的朋友.
这个目录中包括一些有用的程序:
前面写过一个C++的版本, 功能写得非常的简单, 并且没有考虑到有MODEL的情况.
终于下定决心用Perl来重写这个类. 主要是由于以前没有用过Perl的面向对象写东西,很生疏,怕写不好,但是真正写起来却发现是那么地顺手
最近的工作要用到支持向量机(SVM), 对算法不是很懂, 但是总要把用法弄明白吧, 于是就想把它的文档翻译一下, 自己弄明白吧, 也给其他人带来点方便
先给出libsvm的下载地址: 要下载就点我吧
有时候总需要对一些pdb文件进行操作，特别是读数据，所以就写了这个库文件但是这个只是个比较粗略的，一时也不能补得很全，只是仅仅对ATOM的行进行了操作并进行了归类，其他的行暂时还没有进行操作，这些等到实际用到时，再进行补充吧 另外，关于atom_id和chain_id发现有些不是整型，因为在x-ray或者mnr测结构时无法确定而加的abcd之类的也没有考虑在内，如果要考虑这个的话，我想是否可以用map将id与整个原子的信息对应起来。 代码
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